Bayer 04 Leverkusen là một đội bóng đóng ở Leverkusen, phía bắc vùng Rhine-Westphalia.Nó là bộ phận được biết đến nhiều nhất của TSV Bayern 04 Leverkusen, một câu lạc bộ thể thao với những thành viên của các bộ môn như điền kinh, thể dục dụng cụ, bóng rổ và nhiều môn thể thao khác.

Đội bóng đã bị mất đi những ngôi sao hàng đầu trong hai mùa giải tiếp đó. Vào năm 2002, đội bóng mất hai ngôi sao tiền vệ Michael Ballack và Zé Roberto cùng vào tay Bayern Munich. Đội bóng đã phải đối mặt với cuộc chiến chống xuống hạng vào năm 2002-03 dưới sự dẫn dắt của Klaus Toppmoller, người đã dẫn dắt đội bóng trong mùa giải thành công nhất của họ và ông đã được thay thế bởi huấn luyện viên ít kinh nghiệm Thomas Horster. Huấn luyện viên được đánh giá cao Klaus Augenthaler đã vực dậy đội bóng trong hai trận cuối cùng và giúp họ tránh được khủng hoảng với chiến thắng trước đội bóng cũ của ông Nuremberg. Sau đó ông đưa Bayer Leverkusen kết thúc mùa giải với vị trí thứ ba và được dự Champions League vào mùa giải sau đó.

Cuộc chiến ở Champions League mùa sau đó đã chứng kiến họ có cuộc trả thù trước Real Madrid, mở màn vòng bảng của họ với chiến thắng 3-0 trước gã khổng lồ Tây Ban Nha, họ đã có thể tiến sâu, nhưng bị đánh bại ở vòng knockout bởi đội bóng đã vô địch sau đó Liverpool. Đội bóng về đích ở mùa giải 2004-05 với vị trí thứ 5 và phải tham dự Champions League ngay từ vòng sơ loại thứ nhất ở mùa giải sau đó.

Đầu năm 2005, Augenthaler đã bị sa thải sau khi đội bóng có sự khởi đầu tồi tệ nhất trong hai mươi năm với chỉ một chiến thắng trong bốn trận đầu mùa và thua 1-0 trước CSKA Sofia ở lượt đi vòng loại UEFA Cup.Cựu huấn luyện viên đội tuyển Đức Rudi Völler được chỉ đinh thay thế.Michael Skibbe, người là trợ lý của Rudi Voller ở đội tuyển quốc gia là người kế nhiệm ông vào tháng mười.Skibbe đã giúp đội bóng về đích ở vị trí thứ năm và đội bóng lại có một suất dự UEFA Cup.

Mùa giải 2007-08 không phải là một mùa giải thành công với Bayer Leverkusen mặc dù đã có một màn khởi đầu tốt. 7 trận thua trong 10 trận cuối cùng của mùa giải đã khiến họ phải về đích ở nửa sau của bảng xếp hạng. Michael Skibbe đã bị chỉ trích nặng nề ở cuối mùa sau khi ông thay đổi đội hình. Trong trận thua 1-2 trước Hertha Berlin, cổ động viên Leverkusen đã gây nên một cuộc bạo động.Không chỉ la ó huấn luyện viên của Leverkusen mà họ còn đốt áo họ đang mặc và ném xuống sân.Michael Skibbe đã từ chức vào chiều 21 tháng 5 năm 2008. Lý do ông ra đi là vì những thành tích của Leverkusen và đội bóng cũng không được dự UEFA Cup.

Danh hiệu

Bundesliga: Về nhì (5): 1996–97, 1998–99, 1999–2000, 2001–02,2010–11

Cúp quốc gia Đức:

Vô địch (1): 1992-93

Về nhì (2): 2001-02, 2008-09

UEFA Cup/Cúp C3: Vô địch (1): 1988

UEFA Champions League: Về nhì (1): 2002